فرضیههای گوناگونی درباره چگونگی هموژنیزاسیون فشار بالا وجود دارد. به طور کلی در این زمینه دو فرضیه بیشتر مطرح است.
فرضیه اول، شکستن گویچه از طریق تلاطم گردابی است. بر این اساس گفته میشود که تعدادی گردابه کوچک در برابر مایعی که با سرعت بالا در حال حرکت است، ایجاد میشود. سرعت جریات بالاتر، گردابههای کوچکتری درست میکنند که اگر این جریان گردابی با یک قطره روغن هماندازه خود برخورد کند، قطره روغن به قطرههای ریزتری شکسته میشود. این فرضیه، چگونگی آثار هموژنیزاسیون را در فشارهای مختلف نشان میدهد.
فرضیه دیگر بر وقوع پدیده کاویتاسیون تکیه دارد. براساس این فرضیه زمانی که مایع با سرعت بالا از شکاف دستگاه عبور میکند، تاثیر سرعت بالا روی مایع باعث ایجاد حبابهایی میشود که در اثر شوک امواج ناشی از ترکیدن این حبابها گویچههای چربی شکسته میشوند. در هر دو حالت با شکسته شدن گویچههای چربی لایهای از پروتئین آنها را احاطه کرده و این موضوع از به هم چسبیدن دوباره این ذرات جلوگیری میکند.