در جنبههای مختلف باکتریشناسی، پس از شناسایی باکتریها در بسیاری مواقع شمارش باکتریها و تعیین تعداد آنها در واحد حجم ضروری است. این شمارش به خصوص در مورد باکتریهای بیماریزا اهمیت بسزایی دارد. با شمارش در محدودههای زمانی مشخص میتوان سرعت تکثیر باکتری و گسترش عفونت و بیماری در بدن یک فرد بیمار و یا در قلمرو گستردهتر در یک جامعه پی برد
در بحث شمارش و تعیین تعداد باکتری تاکنون روشهای مختلفی در بین متخصصان میکروبیولوژی بهکار رفته است که شمارش با پلیتهای استاندارد (روش کمی) یکی از روشهای شمارش باکتریهای موجود در شیر، آب و مواد غذایی و… است. از این روش در مراکز آزمایشگاهی بیشتر استفاده میشود و درصد اطمینان آن نیز بالاتر است.
با توجه به اینکه سرعت رشد باکتریها در شیر و مواد غذایی خاص زیاد است، لذا کیفیت شیر و یا مواد غذایی به مرور زمان دستخوش تغییرات زیادی میشود. بر همین اساس شناسایی نوع میکروب و تعداد آن در واحد حجم اهمیت فراوان دارد.
دو روش برای شمارش کلونی ها وجود دارد:
الف) دستگاه کلونی کانتر تمام اتوماتیک که به طور اتوماتیک تعداد کلونی ها را در یک رقت مشخص نشان می دهد.
ب) روش دستی با استفاده از کلنی کانتر نیمه اتوماتیک که پلیت را به صورت وارونه بر روی یک صفحه سفید یا سیاه قرار داده و بین پلیت و صفحه یک شیشه شطرنجی قرار دارد و با علامت گذاری خانه ها تعداد را شمارش میکنند.
با توجه به قیمت بالایی که دستگاه های کلنی کانتر تمام دیجیتال دارند لذا در اکثر آزمایشگاه ها از دستگاه های نیمه اتوماتیک استفاده میشود.